تکنیکها و کاربردها
هر موجود زنده حاوی دیانای، آرانای و پروتئینهاست. جاندارانی که بیشتر به هم نزدیک هستند ساختار مولکولی شبیهتری دارند، درحالیکه مولکولهای جاندارانی که از هم دورتر هستند ناهمسانی بیشتری دارند. انتظار میرود توالیهای حفظشده در دیانای میتوکندریایی، به مرور جهشها را در طول زمان انباشته کنند. با فرض نمودن سرعت ثابتی برای جهشها، ساعت مولکولی برای تخمین زمان انشعاب ایجاد میشود. تبارزایی مولکولی از این دادهها برای ترسیم یک «درخت ارتباط» استفاده میکند که فرگشت احتمالی انواع جانداران را نشان میدهد. تا همین چند دهه اخیر، جداسازی و شناسایی این ساختارهای مولکولی ممکن نبود.
روش رایج، مقایسه توالیهای همساخت ژنها به وسیله همردیفی توالی برای کشف شباهتهاست. دیگر کاربرد فیلوژنی مولکولی در بارکد دیانای است، به این شکل که نوع گونه یک جاندار با بررسی بخش کوچکی از دیانای میتوکندریایی او شناسایی میشود. دیگر کاربرد این تکنیک در زمینه محدود ژنتیک انسان است، برای نمونه استفاده از تست ژنتیک برای تعیین والد بچه، همچنین شاخه نوظهور پزشکی قانونی برای کشف شواهد با انگشتنگاری دیانای (دیانای فینگرپرینتینگ).
پیوند به بیرون
|
|---|
| عنوانهای اصلی | | |
|---|
| مفاهیم پایهای | |
|---|
| روشهای استنباط | |
|---|
| موضوعهای کنونی | |
|---|
| ویژگیهای گروهی | |
|---|
| انواع گروه تبار | |
|---|
| نامگذاری | |
|---|
 تبارزایی
|
|
|---|
| پایگاههای داده |
- Sequence databases: ژنبانک, European Nucleotide Archive and DNA Data Bank of Japan
- Secondary databases: یونیپروت, database of protein sequences grouping together یونیپروت, یونیپروت and Protein Information Resource
- Other databases: بانک داده پروتئین, پروژه پایگاه داده ژنوم آنسامبل and اینترپرو
- Specialised genomic databases: BOLD, Saccharomyces Genome Database, FlyBase, VectorBase, WormBase, Rat Genome Database, PHI-base, Arabidopsis Information Resource and Zebrafish Information Network
|
|---|
| نرمافزارها |
- بلاست
- Bowtie
- کلاستال
- EMBOSS
- HMMER
- MUSCLE
- SAMtools
- SOAP suite
- TopHat
|
|---|
| سایر | |
|---|
| مؤسسات |
- Broad Institute
- China National GeneBank (CNGB)
- Computational Biology Department (CBD)
- Microsoft Research - University of Trento Centre for Computational and Systems Biology (COSBI)
- Database Center for Life Science (DBCLS)
- DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
- European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
- European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
- Flatiron Institute
- J. Craig Venter Institute (JCVI)
- Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG)
- مرکز ملی اطلاعات زیستفناوری (NCBI)
- مؤسسه ملی ژنتیک (ژاپن)
- Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC)
- Philippine Genome Center (PGC)
- مؤسسه پژوهشی اسکریپس
- Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
- Wellcome Sanger Institute
- Whitehead Institute
|
|---|
| سازمانها |
- African Society for Bioinformatics and Computational Biology (ASBCB)
- Australia Bioinformatics Resource (EMBL-AR)
- European Molecular Biology network (EMBnet)
- International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)
- International Society for Biocuration (ISB)
- International Society for Computational Biology (ISCB)
- Student Council (ISCB-SC)
- Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB)
- Japanese Society for Bioinformatics (JSBi)
|
|---|
| اجلاسها |
- Basel Computational Biology Conference ([BC2])
- European Conference on Computational Biology (ECCB)
- Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)
- International Conference on Bioinformatics (InCoB)
- ISCB Africa ASBCB Conference on Bioinformatics
- Pacific Symposium on Biocomputing (PSB)
- Research in Computational Molecular Biology (RECOMB)
|
|---|
| فرمتهای فایلی |
- CRAM format
- قالب فستا
- قالب فستک
- NeXML format
- Nexus format
- Pileup format
- SAM format
- Stockholm format
- VCF format
|
|---|
| موضوعات مرتبط | |
|---|
|
